ยูโรปา ลีกได้ 48 ทีมเข้าเล่นรอบแบ่งกลุ่มเป็นที่เรียบร้อยแล้วโดยจะมีพิธีจับสลากที่โมนาโกใน วันที่ 26 สิงหาคม 2559 เวลา 18.00 น. (เวลาประเทศไทย)

        โดยการจับสลากมีการแบ่งทีมวางเป็น 4 โถซึ่งจัดวางจากค่าสัมประสิทธิ์สโมสรโดยรอบนี้ทีมจากประเทศเดียวกันจะไม่เจอ กันเองและทีมจากรัสเซียจะไม่เจอทีมจากยูเครน

        ทั้งนี้รอบแบ่งกลุ่มได้กำหนดวันแข่งขันไว้แล้วประกอบด้วยวันที่ 15 และ 29 กันยายน, 20 ตุลาคม, 3 และ 24 พฤศจิกายน และ 8 ธันวาคม

        โถ 1 :
        - ชาลเก้ 04 (เยอรมัน)
        - เซนิตฯ (รัสเซีย)
        - แมนฯ ยูไนเต็ด (อังกฤษ)
        - ชัคตาร์ โดเน็ตส์ค (ยูเครน)
        - แอธ.บิลเบา (สเปน)
        - โอลิมเปียกอส (กรีซ)
        - บียาร์เรอัล (สเปน)
        - อาแจ๊กซ์ (ฮอลแลนด์)
        - อินเตอร์ มิลาน (อิตาลี)
        - ฟิออเรนติน่า (อิตาลี)
        - อันเดอร์เลชท์ (เบลเยียม)
        - วิคตอเรีย พิลเซ่น (เช็ก)

        โถ2:
        - อัลค์มาร์ (ฮอลแลนด์)
        - บราก้า (โปรตุเกส)
        - ซัลซ์บวร์ก (ออสเตรีย)
        - โรม่า (อิตาลี)
        - เฟเนร์บาห์เช่ (ตุรกี)
        - สปาร์ต้า ปราก (สาธารณรัฐเช็ก)
        - พีเอโอเค (กรีซ)
        - สเตอัว บูคาเรสต์ (โรมาเนีย)
        - เกงค์ (เบลเยียม)
        - อโปเอล (ไซปรัส)
        - สตองดาร์ ลีแอช (เบลเยียม)
        - แซงต์-เอเตียน (ฝรั่งเศส)

        โถ 3:
        - เกนท์ (เบลเยียม)
        - ยัง บอยส์ (สวิตเซอร์แลนด์)
        - คราสโนดาร์ (รัสเซีย)
        - ราปิด เวียนนา (ออสเตรีย)
        - สโลวาน ลิเบอเรช (สาธารณรัฐเช็ก)
        - เซลต้า บีโก้ (สเปน)
        - มัคคาบี้ เทลอาวีฟ (อิสราเอล) 
        - เฟเยนูร์ด (ฮอลแลนด์)
        - ออสเตรีย เวียนนา (ออสเตรีย)
        - ไมนซ์ (เยอรมัน)
        - ซูริค (สวิตเซอร์แลนด์)
        - เซาธ์แฮมป์ตัน (อังกฤษ)

        โถ 4:
        - พานาธิไนกอส (กรีซ)
        - ซาสซูโอโล่ (อิตาลี)
        - คาราบัก (อาเซอร์ไบจาน)
        - อัสตานา (คาซัคสถาน)
        - นีซ (ฝรั่งเศส)
        - ซอร์ย่า (ยูเครน)
        - อาสตร้า (โรมาเนีย)
        - คอนยาสปอร์ (ตุรกี)
        - ออสมันลิสปอร์ (ตุรกี)
        - เอฟเค กาบาล่า (อาเซอร์ไบจาน)
        - ฮาโปเอล เบียร์-เชว่า (อิสราเอล)
        - ดันดอล์ก (ไอร์แลนด์)